Le 17 juin 1816, une division de bateaux chargée d'acheminer les fonctionnaires et les militaires affectés au Sénégal, ainsi que des scientifiques et des colons quitte l’île d’Aix pour rallier Saint-Louis du Sénégal. La flotille est composée de la frégate la Méduse, navire amiral sous la direction du capitaine de frégate Hugues Duroy de Chaumareys, de la corvette l’Écho, du brick l’Argus et de la flûte la Loire. Parmi les passagers se trouvent notamment le colonel Schmaltz, nouveau gouverneur, sa femme, ainsi que le commis de première classe et futur explorateur Gaspard Théodore Mollien, à bord de la Méduse ; René Caillié à bord de la Loire. De grandes quantités de matériel sont aussi embarquées.

Hugues Duroy de Chaumareys qui commande la Méduse est un noble royaliste qui n'a quasiment plus navigué depuis l'Ancien Régime. Il commence la traversée en distançant les autres navires, plus lents que le sien, et se retrouve ainsi isolé. N'écoutant pas les avis de ses officiers, il accorde toute confiance à un dénommé Richefort, un passager prétendant avoir déjà parcouru les parages. Il se trompe dans son estimation de la position du navire par rapport au banc d'Arguin, obstacle connu des navigateurs. Au lieu de le contourner en passant au large comme l'indiquent ses instructions, il rase les hauts-fonds, jusqu'à ce que l'inévitable se produise le 2 juillet, la frégate s'échoue sur un banc de sable.

Plusieurs tentatives de renflouement échouent. L'équipage construit un radeau de vingt mètres sur sept, composé de pièces de bois, destiné à recevoir du matériel afin d'alléger le bateau. Après quelques jours, souffle une violente tempête qui secoue la frégate échouée et provoque plusieurs voies d'eau. L'état-major du navire craint que le navire ne finisse par se désagréger. L'abandon est décidée.

Le désordre est indescriptible. Plusieurs marins sont ivres morts en permanence. Les officiers tentent de garder le contrôle de la situation, mais le commandant et les passagers de marque n'auraient pas brillé par leur exemple ce jour-là. Le 4 juillet, les chaloupes sont mises à l'eau ; sur le radeau s'entassent 152 marins et soldats avec quelques officiers, ainsi qu'une femme. Il est prévu que le radeau soit remorqué à terre par les chaloupes et tout le monde doit atteindre le Sénégal en longeant le littoral saharien. Dix-sept hommes restent sur l'épave de la Méduse espérant, sans doute, être secourus plus tard ; trois d'entre eux seulement seront retrouvés en vie, le 4 septembre suivant.

Très vite, les chaloupes larguent les amarres les reliant à la masse considérable du radeau qui part à la dérive. Certaines gagnent la côte, les hommes tentant leur chance dans le désert, accablés par la soif, la marche et l’hostilité des Bédouins. Ils arrivent après 15 jours d'errance, mais il y eu plusieurs morts. D'autres chaloupes restent en mer et atteignent Saint-Louis en quelques jours. Dans ces dernières se trouvent le commandant Chaumareys et le colonel Schmaltz.

Les marins et soldats du radeau essaient de gagner la côte mais dérivent. L'équipée qui dure 13 jours fait de nombreuses victimes, et donna lieu à des noyades, mutineries, ainsi qu'à des faits de cannibalisme en raison du manque de vivres comme d'eau potable. Le 17 juillet, l'Argus, après avoir atteint Saint-Louis, retourne sur le lieu du naufrage et récupère seulement 15 rescapés, dont 5 mourront avant l'arrivée à Saint-Louis.