En 1830, les Français se lancent à la conquête de l’Algérie. Au début, l’expédition est dirigée contre Alger. Mais très tôt, les envahisseurs cherchent à occuper l’ensemble du pays, notamment la Kabylie contre laquelle sont dirigées plusieurs expéditions. Les tribus kabyles combattent sur tous les fronts, d’Alger jusqu’à Constantine. Mis à part les renforts envoyés à la bataille de Staoueli, leur premier contact avec les troupes françaises a lieu en 1831, près de Médéa, où Ben Zamoun mène au combat les hommes des Iflissen.

Béjaïa, passée sous le contrôle de la tribu des Mezaïa après la chute du dey d’Alger, connaît plusieurs incidents avec des navires français et anglais. En 1831, deux expéditions visant à lui imposer comme caïd un dénommé Mourad, puis un certain Bou Setta, sont mises en échec. Une nouvelle expédition aboutit en 1833 à la prise de la ville, après une résistance intense de ses habitants. Cependant les Français ne parviennent pas à en conquérir les alentours.

En 1844, la vallée du Sebaou est conquise, puis la partie de la Petite Kabylie comprise entre Collo et Jijel, soumise en mai et juin 1851 par Saint-Arnaud. En Haute Kabylie, Lalla Fatma N’Soumer, issue d’une famille maraboutique, prend la tête de la résistance à la conquête. Le cherif Boubaghla en est une autre figure. Originaire de Miliana, arrivé en Kabylie vers 1850 pour prôner la guerre sainte contre les Français, il mobilise principalement les tribus du versant sud du Djurdjura, une partie des Aït Abbas (pourtant en traité de paix avec la France) et les Aït Mellikeche. Après une campagne infructueuse dans la vallée de la Soummam et un échec à reprendre Béjaïa, il franchit le Djurdjura pour se joindre aux forces de Lalla Fatma N’Soumer, notamment pour la bataille du Haut Sebaou. De retour dans la région des Aït Mellikeche, sa troupe de partisans fortement diminuée, il finit par mourir au combat, le 26 décembre 1854, contre une troupe française dirigée par le général Camou. La domination française ne prend durablement le dessus en Kabylie qu’après la chute d’Icheriden, forteresse située à 1 065 mètres d’altitude, en juin 1857.

La région suscite encore des soulèvements périodiques, qui vont culminer avec la « révolte des Mokrani ». Les années qui précèdent celle-ci sont marquées par un mécontentement général : religieux pour une part, l’activité des missionnaires chrétiens rencontrant l’hostilité des chefs tribaux et des confréries qui prônent ouvertement le djihad ; mais aussi social et politique, avec la grande famine de 1867 et la perte de prérogatives des chefs traditionnels alliés de la France comme le cheikh El Mokrani (seigneur des Aït Abbas nommé bachagha par la France), face à une administration qui se veut de plus en plus présente. Ainsi, dans la région de Bordj Bou Arreridj, où les Mokrani possèdent de nombreuses terres, les wakil qui leur étaient fidèles sont remplacés par des caïds aux ordres directs de l’administration coloniale, tandis que la ville elle-même est mise sous « administration civile ».

En mars 1871, El Mokrani se soulève et parvient à entraîner avec lui la confrérie religieuse de la Rahmaniya, dans une révolte appelée en kabyle nnfaq urumi, « la guerre du Français ». En dépit de la mort du cheikh le 5 mai, puis de la soumission de la confrérie le 30 juin, la rébellion n’est entièrement vaincue qu’en janvier 1872 ; la répression se solde par une énorme amende de guerre, la confiscation de 446 000 hectares, de nombreuses arrestations et des déportations en Nouvelle-Calédonie (c’est l’origine des « Kabyles du Pacifique »). La fin de la révolte est aussi considérée comme celle du royaume des Aït Abbas, fondé au xvie siècle.

L’administration française, à travers ses « bureaux arabes », procède à l’arabisation des noms de famille et de lieu. C’est ainsi que, par exemple, Iwadiyen devient les Ouadhias, Aït Zmenzer est transformé en Beni Zmenzer ou encore Aït Yahia en Ould Yahia. Après la révolte des Mokrani, ces actions, d’après l’analyse d’Alain Mahé, prennent le caractère d’une politique de destruction de l’identité kabyle : pour casser la cohésion de la société villageoise, la généralisation de l’état civil donne lieu à l’attribution de noms arbitraires et différents aux membres d’une même famille.

Chez les militaires et fonctionnaires français se développe le « mythe kabyle » : beaucoup voient la région comme la plus à même de se « franciser », sur la base notamment de similitudes entre l’assemblée villageoise traditionnelle, tajmâat, et la cité démocratique de la Grèce antique, rapprochement où ils trouvent les indices d’un excellent « potentiel républicain ». La Kabylie est aussi considérée comme imparfaitement islamisée, donc plus facilement « rechristianisable ». Des missionnaires chrétiens y mènent des campagnes d’évangélisation jusque dans les villages les plus reculés. Le droit coutumier berbère y est globalement maintenu, alors qu’il est aboli en pays chaoui au profit du droit musulman. Enfin, l’enseignement en français y est relativement courant jusqu’au certificat d’études, alors que partout ailleurs, c’est la scolastique coranique, en arabe classique, qui est favorisée. La Kabylie voit ainsi l’émergence d’une élite laïcisée et modelée par l’école française. Ces intellectuels laïques vont se confronter notamment au courant « réformiste » conduit par les oulémas algériens à partir de 1931, appuyés sur le réseau d’enseignement des zaouïas qu’ils dirigent dans la région.

La colonisation entraîne aussi, dès le début du xxe siècle, un développement de l’émigration vers la France : en 1913, on évalue la présence kabyle dans ce pays à 13 000 immigrés. C’est alors une immigration qui ne se disperse pas dans la société française, mais semble au contraire se regrouper en reproduisant la structure des villages traditionnels.

En dépit du « mythe kabyle », la contribution de la région est massive dans les différentes formes de résistance qui s’organisent face à la colonisation. Nombreux sont les Kabyles à participer à la création, en 1913, de l’Amicale des instituteurs indigènes, tout comme plus tard à celle, en 1931, de l’Association des oulémas algériens, dont les médersas serviront de support à la diffusion des idées nationalistes. En 1926, parmi les émigrés qui fondent l’Étoile nord-africaine, 5 sur 8 des premiers dirigeants sont originaires de Kabylie. La région est touchée de plein fouet par les événements du 8 mai 1945 : l’insurrection, partie de Sétif, s’étend à Kherrata et Guelma ; la répression fait des milliers de morts parmi la population civile, les abords de Kherrata sont bombardés par la marine française. En 1949, au sein du principal mouvement nationaliste algérien d’alors, le PPA-MTLD, éclate la « crise berbériste » : elle oppose à la direction du parti des militants en désaccord avec sa ligne dite « arabo-islamique ». Certains sont éliminés, d’autres, sous la menace de l’exclusion, se rallient à l’orientation alors dominante.